U fyzických osob, které mají příjmy z podnikání a jiné samostatné výdělečné činnosti (viz. § 7 zákona o daních z příjmů) se můžeme setkat se třemi možnými variantami pro vedení příjmů a výdajů. Nebudeme se však zabývat v praxi tak ojedinělým případem jako je stanovení daně paušální částkou.

První variantou je, že podnikající fyzická osoba (dále jen „podnikatel“) může vést účetnictví (dříve „podvojné účetnictví“) a to buď povinně ze zákona nebo dle svého rozhodnutí.

Další možností je, že podnikatel vede tzv. „daňovou evidenci“ (dříve jednoduché účetnictví). Hlavním rozdílem oproti vedení účetnictví je v tomto případě to, že příjmy jsou zdaňovány až v okamžiku zaplacení a při uplatnění výdajů platí to samé.

Třetí variantou je uplatnění výdajů procentem z příjmů (tzv. „paušalisté“). Výše stanoveného procenta je dána zákonem o daních z příjmů a v poslední době téměř každoročně u něho dochází k nějakým změnám. Asi nejdiskutovanější změnou je snížení procenta výdajů u příjmů z jiného podnikání podle zvláštních předpisů na 40% (například u daňových poradců, advokátů apod.). Poslední změnou je úprava výše procenta u příjmů z pronájmu majetku, který je zařazen v obchodním majetku. Nově stanovené procento je u těchto příjmů dle § 7 výše 30 %. K uplatnění paušálních výdajů je dobré poznamenat, že tuto volbu má i podnikatel vedoucí účetnictví.

U fyzických osob podnikatelů je dobré mít na zřeteli i to, co je součástí  obchodního majetku. Podnikatelé, kteří nevedou účetnictví ani daňovou evidenci totiž nemají obchodní majetek. Zde je vhodné podotknout, že se nejedná o definici obchodního majetku, tak jak jí známe z Obchodního zákoníku, ale o vazbu na ustanovení § 4 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Podle zákona o daních z příjmů totiž hraje roli, zda poplatník vede účetnictví, daňovou evidenci či uplatňuje výdaje procentem z příjmů – obchodní majetek má pouze podnikatel, který vede účetnictví nebo daňovou evidenci (musí o tomto majetku buď účtovat nebo musí být uvedeny v evidenci majetku a závazků).

Existují poměrně ustálené názory, že existenci či neexistenci obchodního majetku je třeba striktně dodržovat v navazujících ustanovení zákona o daních z příjmů. Např. fyzická osoba podnikatel uplatňující paušální výdaje nemůže nikdy naplnit jednu ze základních podmínek pro zahrnutí splátek z finančního leasingu mezi daňově uznatelné náklady, kterou je zahrnutí předmětu leasingu pro skončení smlouvy do obchodního majetku, jednoduše proto, že nemá obchodní majetek ve smyslu zákona o daních z příjmů. Dále např. existence či neexistence obchodního majetku hraje roli při splnění podmínek pro osvobození prodeje majetku. 

V poslední době se problematika obchodního majetku řešila ne jednání zástupců Generálního finančního ředitelství a  Komory daňových poradců ČR v rámci tzv. koordinačního výboru v souvislosti s projednáním problematiky zdanění prodeje podniku podnikatelem.

Podstatou problému bylo zejména to, jak postupovat při zdanění, pokud podnikatel prodává podnik nebo jeho část a uplatňuje výdaje procentem z příjmů, tedy v určení, pod který druh příjmů je možné tento prodej zahrnout a to zda pod příjmy dle § 7 (příjmy z podnikání a z jiné samostatné výdělečné činnosti) nebo dle § 10 (ostatní příjmy).

Pokud zahrne tyto příjmy podnikatel pod § 7, pak může uplatnit výdaje procentem z příjmů, což v případě uplatnění druhu příjmů dle § 10, pokud neprovozuje zemědělskou činnost, není možné. Naproti tomu z příjmů dle § 7 je nutné odvádět sociální a zdravotní pojištění, což u ostatních příjmů dle § 10 neplatí. V neposlední řadě pak příjmy dle § 10 nevstupují do výpočtu záloh pro další období.

Viděno optikou zmíněnou výše ohledně existence či neexistence obchodního majetku, nabízí se řešení považovat prodej majetku, který není považován za obchodní majetek, za tzv. ostatní příjem podle § 10 zákona o daních z příjmů. Výsledkem jednání je však souhlasný závěr, že příjem z prodeje podniku či jeho části podnikatelem by měl být zdaňován jako příjem z podnikání podle § 7 zákona o daních z příjmů. Lze říci, že v daném případě zvítězil racionální přístup k věci. Argumenty pro tento závěr byly následující:

• prodej podniku není bezpochyby žádnou činností, které by byly uvedeny v ustanovení § 7 odst. 1 zákona o daních z příjmů; nicméně vyplývá z něj jednoznačná souvislost s podnikáním a v praxi jsou obdobně posuzovány přijaté náhrady škod, nahodilý prodej majetku či materiálu používaného k podnikání,
• kritérium obchodního majetku by mělo být používáno jen jako podpůrné kritérium a tudíž samo o sobě nevypovídá o charakteru činnosti a tedy charakterem příjmu z dané činnosti plynoucího,
• výkon podnikatelské činnosti je nutné chápat jako celý komplex činností (příjmy z takové činnosti nemusí nutně zahrnovat jen příjmy z činností, na níž má podnikatel oprávnění, ale i příjmy nárazového charakteru, které s podnikatelskou činností bezprostředně a neoddělitelně souvisí),
• pokud je některá činnost považována za podnikání dle obchodního zákoníku, je příjem z takové činnosti nutné považovat za příjem z podnikání ve smyslu § 7, pokud zákon o daních z příjmů nestanoví jinak (a jinak nestanoví). Navíc je v ustanovení § 10 uvedeno, že o příjem dle § 10 se bude jednat, pokud nejde o příjem dle § 7,
• vzhledem k tomu, že podnikatel vedoucí účetnictví má možnost zvolit si uplatnění výdajů procentem z příjmů, pak by došlo k nerovnosti z důvodu toho, že ten kdo účetnictví vede, má v souladu se zákonem o daních z příjmů obchodní majetek

Je otázkou, zda lze za využití stejného přístupu polemizovat nad daňovými vyhodnoceními jiných případů, kde existence či neexistence obchodního majetku hraje podstatnou roli.