Zdá se, že nekončícím řízením ve věci postupu k odstranění pochybností ve věci vykázání daňového odpočtu odzvonila hrana. Na základě novely Daňového řádu, který nabyl účinnosti 1. ledna 2015, je správce daně alespoň částečně povinen nést náklady za vedení časově neúměrně náročného postupu k odstranění pochybností, ve kterém daňový subjekt vykázal a správce daně mu následně vyměřil daňový odpočet.

Příslušná novela Daňového řádu ohledně stanovení úroku, který náleží daňovému subjektu v případě daňového odpočtu má své základy i v rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ze dne 25. září 2014, č.j. 7 Aps 3/2013-34. Nejvyšší správní soud se ve svém rozsudku postavil za daňový subjekt, pokud správce daně zahájí neúměrně dlouhé prověřování. V těchto případech na základě názoru Nejvyššího správního soudu náleží daňovému subjektu odškodnění a to počínaje prvním dnem 4. měsíce po skončení předmětného zdaňovacího období. Konstatování Nejvyššího správního soudu vychází z ustálené judikatury Evropského soudního dvora, který již dříve několikrát judikoval, že dlouhodobé prověřování plátců DPH před stanovením daně způsobuje nepřípustnou diskriminaci určité skupiny plátců v porovnání s ostatními plátci, u nichž žádné prověřování neprobíhá.

Nejvyšší správní soud dále vymezil pojem prověřování, kterým lze rozumět, mimo jiné, postup k odstranění pochybností či daňová kontrola.

Český zákonodárce reagoval na konstatování Nejvyššího soudního dvora v podobě schválení novely Daňového řádu a to konkrétně novým ustanovením § 254a. Na základě tohoto ustanovení, náleží daňovému subjektu odškodnění ve výši úroku z daňového odpočtu ve výši repo sazby stanovené Českou národní bankou zvýšené o 1 procentní bod. Takto stanovený úrok náleží daňovému subjektu po uplynutí 5 měsíců ode dne zahájení postupu k odstranění pochybností, který trvá déle než pět měsíců a to do dne vrácení daňového odpočtu.

Schválená novela Daňového řádu, dle našeho názoru, skýtá několik nedokonalostí, které jsou shodou okolností v neprospěch plátce daně v porovnání s konstatováním Nejvyššího správního soudu a ustálenou judikaturou Evropského soudního dvora.

• Za prvé, Nejvyšší správní soud jasně vymezil dobu trvání prověřování, za které daňovému subjektu náleží odškodnění a to po uplynutí třech měsíců (tj. první den 4. měsíce po skončení předmětného zdaňovacího období). Naproti tomu Daňový řád přiznává odškodnění plátci daně až po uplynutí 5 měsíců od zahájení postupu k odstranění pochybností.
• Za druhé, novela Daňového řádu přiznává odškodnění pouze v případě postupu k odstranění pochybností. Nereaguje tak například na neúměrně dlouhou dobu vedení daňové kontroly.
• V neposlední řadě, spatřujeme rozpor ve výši úroku z daňového odpočtu. Evropský soudní dvůr několikrát judikoval, že členské státy musejí, v souladu se zásadou proporcionality, využívat prostředků, které sice umožňují účinně dosáhnout takového cíle (tj. zabránit daňovým únikům), avšak co nejméně narušují cíle a zásady stanovené dotčenými předpisy Společenství, jako je základní zásada nároku na odpočet DPH. Jinými slovy, dle našeho názoru, stanovení výše úroku z daňového odpočtu ve výši jednoho procentního bodu plus repo sazba na straně daňového subjektu v porovnání s úrokovou mírou z prodlení ve výši 14 procentních bodů plus REPO sazba na straně správce daně rozhodně nesplňuje zásadu proporcionality.

V případě, že se nacházíte v průběhu postupu k odstranění pochybností, případně u Vás správce daně zahájil daňovou kontrolu, které jsou neúměrně dlouhé, rádi Vám poskytneme naše služby.