V souvislosti s legislativním vývojem v oblasti daně z přidané hodnoty vznikají nejasnosti při posuzování daně z přidané hodnoty účtované do nákladů u plátců daně souvisejících se zaměstnaneckými benefity (soukromé využití služebního vozidla, mobilu, notebooku atd.). Jedná se převážně o odvod DPH na výstupu podle § 36a, § 13 odst. 4 písm. a) a § 14 odst. 3 písm. a) zákona o dani z přidané hodnoty. Dle výše uvedených ustanoveních zákona se DPH na výstupu odvádí také v případě některých bezplatných plnění:

• použití hmotného majetku pro účely nesouvisející s uskutečňováním ekonomických činností plátce,
• poskytnutí služby pro účely nesouvisející s uskutečňováním ekonomických činností plátce,
• dočasné využití obchodního majetku pro osobní spotřebu plátce nebo jeho zaměstnanců, pokud bylo u tohoto majetku nebo jeho části uplatněn odpočet daně.

Hlavním principem  při řešení uvedených případů je daňová neutralita, která by měla zajistit, že základ daně z příjmů bude u obou skupin poplatníků jak plátců, tak i neplátců DPH stejný.

Uvedené si ukážeme na následujícím příkladu, v němž se zaměříme na posouzení DPH na výstupu účtované do nákladů z pohledu daně z příjmů. V případě, že společnost uplatňovala nárok na odpočet z pronájmu vozidel v plné výši, bylo považováno poskytnutí takových vozidel k soukromým účelům za poskytnutí služby a společnost byla povinna uplatnit  na výstupu DPH. V tomto případě pak platilo, že DPH uplatňovaná na výstupu v této souvislosti byla podle stávajících výkladů považována za náklad daňově neúčinný; viz pokyn D - 300, výklad k §25 bod 8.

Nově byl přijat závěr na jednání Komory daňových poradců a Ministerstva financí, který upřesňuje úpravu DPH na výstupu v případě použití vozidel poskytnutých bezplatně  pro služební i soukromé účely. Z ekonomického hlediska se jedná o součást osobních nákladů, které představují stejně jako DPH na vstupu nebo jeho část v případě krácení nároku na odpočet součást daňových nákladů zaměstnavatele podle § 24 odst. 1 zákona o dani z příjmů. Daňovým výdajem je dle tohoto výkladu i uplatněné DPH, které je dodatečně odvedeno a zaúčtováno do nákladů.