Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23.4.2010, čj. 5 Afs 73/2006 – 63, v duchu předešlé judikatury rozšířeného senátu Nejvyššího správní soudu ze dne 23.2.2010 čj. 7 Afs 20/2007 – 73 ohledně běhu prekluzivní lhůty v případě mimořádných opravných prostředků a dodatečného daňového přiznání, uzavírá, že pokud je dodatečné daňové přiznání podáno ve stanovené subjektivní lhůtě pro jeho podání dle § 41 (tedy do konce měsíce následujícího po měsíci zjištění) v kombinaci s § 47 zákona o správě daní a poplatků (dále ZSDP), prekluzivní lhůta podle § 47 odst. 1 ZSDP se již na další řízení o dodatečném daňovém přiznání neuplatní a správce daně je oprávněn činit úkony směřující k dodatečnému vyměření daně a řízení o podaném dodatečném daňovém přiznání dokončit v rámci zbývající části desetileté lhůty podle § 47 odst. 2 ZSDP.

Jak si to vysvětlit? Například daňový subjekt zjistí dne 15.11.2010 důvody pro podání dodatečného daňového přiznání na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2007. V průběhu prosince 2010, tedy v rámci subjektivní lhůty pro podání dodatečného daňového přiznání dle § 41 odst. 1 ZSDP (do 31.12.2010), daňový subjekt dodatečné přiznání podá. Pak správce daně řízení o dodatečném daňovém přiznání dokončí (i v roce 2011), přestože lhůta pro doměření daně dle § 47 odst. 1 ZSDP uplynula 31.12.2010. Proč tomu tak je? Pro podání dodatečného přiznání jsou stanoveny dvě lhůty. Jedna subjektivní dle § 41 odst. 1 ZSDP a jedna objektivní dle § 47 odst. 1 ZSDP. Podle názoru Nejvyššího správního soudu by odporovalo smyslu úpravy, pokud by i při zachování těchto lhůt nebylo možné řízení o dodatečném daňovém přiznání dokončit z toho důvodu, že by v průběhu tohoto řízení došlo k uplynutí prekluzivní (tříleté) lhůty dle § 47 odst. 1 ZSDP. Je správce daně vázán nějakou lhůtou? Dle zmíněného rozsudku je správce daně oprávněn řízení o dodatečném daňovém přiznání dokončit ve zbývající částí desetileté lhůty dle § 47 odst. 2 ZSDP. Přesto však správce daně si nemůže vykládat lhůtu libovolně. Subjekt má stále právo namítat případnou nečinnost správce daně dle § 34c ZSDP.

Zůstává však otevřeno, zdali v rámci dokončení řízení o dodatečném daňovém přiznání může správce daně činit úkony pouze k prověření změn, které byly v dodatečném daňovém přiznání uvedeny, nebo úkony vztahující se k příslušnému daňovému období jako celku.