Novela zákona o daních z příjmů, jejíž součástí se díky pozměňovacímu návrhu poslance Michala Doktora (ODS) stala také změna zákona o územních finančních orgánech, byla schválena Senátem. Pokud novelu podepíše prezident, bude tak připraven legislativní rámec pro vznik Generálního finančního ředitelství i pro vznik Specializovaného finančního úřadu pro firmy s obratem 2 mld. Kč. Novelizace zákona o územních finančních orgánech, je podle Ministerstva financí ČR prvním krokem k vytvoření tzv. Jednotného inkasního místa, úřadu, kde by se měly v budoucnu (přibližně od roku 2014) vybírat nejen daně, ale i clo a sociální a zdravotní pojištění.

S navrhovanou účinností od roku 2011 bude nově Generální finanční ředitelství vykonávat některé činnosti, které přísluší v současnosti Ministerstvu financí ČR jako například podílet se na přípravě návrhů daňových předpisů, na sjednávání mezinárodních smluv, řídit stávající finanční ředitelství a přezkoumávat jejich rozhodnutí ve správním řízení. Probíhající řízení zahájená Ministerstvem financí ČR, která nebudou ukončena do nabytí účinnosti této novely (tj. 1. ledna 2011), již budou dokončena Generálním finančním ředitelstvím.

Novela s navrhovanou účinností od roku 2012 zřizuje také Specializovaný finanční úřad s celostátní působností, který bude příslušným pro právnické osoby založené za účelem podnikání, které dosáhly obratu více než 2 mld. Kč, a dále banky a pobočky zahraničních bank, pojišťovny a zajišťovny. Specializovaný finanční úřad bude podřízen Finančnímu ředitelství pro hlavní město Prahu. Zároveň by měla být zrušena stávající specializovaná pracoviště zřízená na některých finančních úřadech. Ministerstvo financí ČR si od zřízení tohoto specializovaného orgánu pro velké firmy slibuje především snížení výskytu daňových úniků.

Novela obsahuje pravidla pro určení okamžiku, kdy dojde ke změně správce daně v souvislosti s dosažením obratu vyššího než 2 mld. Kč. Specializovaný finanční úřad se stává příslušným správcem daně počínaje druhým zdaňovacím obdobím následujícím po zdaňovacím období, ve kterém právnická osoba dosáhla výše zmíněného obratu. Při poklesu obratu, který bude trvat alespoň dvě následující zdaňovací období, se právnická osoba znovu vrátí ke svému místně příslušnému správci daně, a to od čtvrtého následujícího zdaňovacího období. Výše popsaná pravidla počítají jen se zdaňovacími obdobími, zákon o daních z příjmů však zná i období, za která se podává daňové přiznání, ale zdaňovacími obdobími nejsou (například období předcházející změně účetního a zdaňovacího období, pokud je kratší než 12 měsíců). Přechodná ustanovení také neupravují změnu správce daně v souvislosti s nabytím účinnosti této novely.

Pokud bude novela zákona o územních finančních orgánech schválena v tomto znění, lze očekávat, že její aplikace bude ještě předmětem odborných diskusí, a to i v souvislosti s novým daňovým řádem, který účinností od 1. 1. 2011 nahradí zákon o správě daní a poplatků.