Česká dceřiná společnost vyplácela licenční poplatky své německé mateřské společnosti a v Čechách z nich odvedla 5% srážkovou daň v souladu s článkem 12 smlouvy o zamezení dvojího zdanění s Německem. Německý finanční úřad odmítnul mateřské společnosti daň sraženou v Čechách započítat na daňovou povinnost v Německu, neboť zastával názor, že Česká republika nesprávně uplatnila srážkovou daň na příjem z licenčních poplatků a neoprávněně se tak obohatila. Zástupci německého finančního úřadu mateřské společnosti jako zdůvodnění předali podklady, které odkazují na směrnici rady 2003/49/ES o společném systému zdanění úroků a licenčních poplatků mezi přidruženými společnostmi z různých členských států a vyplývá z nich, že pokud platba licenčních poplatků následovala po 30. 4. 2004, měla Česká republika v souladu s touto směrnicí od srážky daně upustit. Neoprávněně uplatněná srážková daň musí být Českou republikou vrácena a zápočet na německou daň z příjmů není přípustný. Mateřská společnost trvala na svém právu započítat si daň sraženou v Čechách na daňovou povinnost v Německu, neboť považovala postup české dceřiné společnosti za správný. Německý finanční úřad předložil tento problém vrchnímu finančnímu ředitelství, které ho následně postoupilo na spolkové ministerstvo financí, neboť závěry by mohly mít negativní dopad na všechny německé mateřské společnosti, které poskytují licence svým dceřiným společnostem v Čechách.

Při rozboru problému jsme se zabývali výše uvedenou směrnicí rady 2003/49/ES. Tato směrnice byla změněna směrnicí rady 2004/76/ES, která upravila zejména článek 1 směrnice 2003/49/ES v tom smyslu, že zavedla přechodná ustanovení pro některé členské státy, mj. i pro Českou republiku. V přechodných ustanoveních se stanoví, že Česko má právo nepoužít v případě licenčních poplatků článek 1 směrnice 2003/49/ES (tj. neosvobozovat licenční poplatky vyplácené mezi mateřskou a dceřinou společností od srážkové daně), ale pouze do data stanoveného v článku 17 směrnice rady 2003/48/ES (směrnice o zdanění příjmů z úspor v podobě úrokových plateb), tj. do 1. 7. 2005 (pozn. tento datum byl z 1. 1. 2005 posunut na 1. 7. 2005 rozhodnutím rady 2004/587/ES). Dále z přechodných ustanovení vyplývá, že po dobu šesti let počínaje 1. 7. 2005 (tj. do 1. 7. 2011) nesmí sazba daně sražená v České republice z licenčních poplatků placených přidružené společnosti jiného členského státu překročit 10% (tzn. může být maximálně 10% a nižší). Stále však platí podmínka, že je nutné respektovat maximální sazby daně z licenčních poplatků stanovené smlouvami o zamezení dvojího zdanění uzavřené s jednotlivými členskými státy, tj. v případě Německa 5%. Přechodná ustanovení dále říkají, že pokud společnost členského státu (v našem případě Německo) přijímá licenční poplatky od přidružené společnosti z Česka, povolí tento členský stát odečíst částku rovnající se výši daně odvedené z těchto příjmů v Česku od daně z příjmů společnosti, která tyto příjmy získala (v našem případě německá mateřská společnost).  

Na základě výše uvedeného se domníváme, že německý finanční úřad opomněl zohlednit přechodná ustanovení zavedená směrnicí 2004/76/ES a z nich vyplývající právo České republiky na srážení daně z licenčních poplatků po přechodné období od 1. 7. 2005 do 1. 7. 2011.

Zatím nemáme k dispozici informace o tom, jak nakonec německý finanční úřad ve věci započtení daně z licenčních poplatků sražené v Čechách rozhodl, nicméně domníváme se, že do 1. 1. 2011 (datum účinnosti implementace osvobození licenčních poplatků mezi přidruženými společnostmi dle směrnice 2003/49/ES do českého zákona o daních z příjmů) je povinen daň sraženou v České republice akceptovat a umožnit německým mateřským společnostem tuto započítat na jejich daňovou povinnost v Německu.