Ačkoliv se daňové subjekty obávají ze strany správců daně především daňových kontrol, mnohdy mají horší dopad vytýkací řízení. Jejich počet bývá většinou u jednotlivých finančních úřadů vyšší než počet daňových kontrol. Správci daně především na základě podání daňového přiznání (nově „tvrzení“) k dani z přidané hodnoty vystavují výzvy k odstranění pochybností, kdy de facto z velké části zabraňují vrácení peněžních prostředků (nadměrných odpočtů) plátcům daně. Toto je nepříjemné zejména pro začínající plátce. Dále je nutné počítat s tím, že probíhající vytýkací řízení, pak může vyvolat zahájení vytýkacích řízení i v dalších obdobích.

Důvodem zaslání výzvy k odstranění pochybností může být např. větší investice do podnikání, dalším důvodem může být  předzásobení, neuskutečnění žádných zdanitelných  plnění v období, neuhrazení  daňové povinnosti apod. 

Je třeba pamatovat i na to, že po dobu než správce daně ukončí toto daňové řízení vyměřením, nejen, že plátce daně nemá peněžní prostředky k dispozici, ale nenáleží mu ani úrok z časové prodlevy vrácení peněz. 

Odstranění pochybností vztahující se k daňovému tvrzení (daňovému přiznání) je nám již znám z ustanovení zákona o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů (§43),  kterému skončila účinnost k datu 31.12.2010. S účinností od 1.1.2011 je postup správce daně k odstranění pochybností uveden v ustanoveních § § 89, 90 Daňového řádu.

Daňový řád oproti zákonu o správě daní a poplatků upřesňuje ustanovení týkající se odstranění pochybností v tom smyslu, že správce daně musí mít „konkrétní pochybnosti“, což umožní daňovému subjektu konkrétní a určitou odpověď, resp. dodání požadovaných dokladů. Pokud správce daně překročí limitaci konkrétní pochybnosti, měla by být zahájena daňová kontrola.

Další změnou v Daňovém řádu je uvedení pojmu „daňový odpočet“, což má za následek to, že lhůta do 30 dnů ode dne, kdy bylo podání učiněno se nově bude  vztahovat pouze na daň z přidané hodnoty, nikoliv však  například na daň z příjmů. U daně z příjmů již tedy nebude určena lhůta pro zahájení postupu k odstranění pochybností.

Souvisejícím ustanovením vztahující se k vytýkacímu řízení je § 34, který obsahuje zásadní změnu a to, že „běh lhůty se staví“.

Popis postupu k odstranění pochybností (ve zkratce) a je následující:

1. Správce daně vyjádří konkrétní pochybnosti o údajích uvedených v podaném daňovém tvrzení (přiznání),
2. Předmětné pochybnosti správce daně uvede ve výzvě,
3. Lhůta k odstranění pochybností je minimálně 15 dnů,
4. O průběhu odstraňování pochybností sepisuje správce daně protokol, příp. úřední záznam,
5. Pokud jsou pochybnosti odstraněny, následuje platební výměr,
6. V případě, že pochybnosti odstraněny nejsou, plátce buď navrhne pokračování v dokazování s návrhem dalších důkazních prostředků,
7. Správce daně na návrh plátce daně přistoupí, zahájí daňovou kontrolu
8. Pokud správce daně nezahájí daňovou kontrolu, pak vydá platební výměr

Jak je vidět z výše uvedeného, již samotný proces vytýkacího řízení je časově a věcně náročný. Vytýkací řízení nejen, že může vyvolat daňovou kontrolu, ale například i stanovení daně podle pomůcek, kdy proti výpočtu daně již nelze podat odvolání. Proto plátcům doporučujeme takto vedené daňové řízení nezanedbat a raději se obrátit na odborníky, kteří pracují v naší společnosti a již mají v těchto řízeních praktické zkušenosti.