Orgány finanční správy se domnívali, že společnost s.r.o. se v rámci obchodování s drahými kovy dopouští karuselového podvodu a zahájily tak kontrolu. Po dobu konání několikaleté kontroly však finanční úřad zadržoval celou částku nadměrného odpočtu DPH, tedy i z plnění týkajících se ostatních obchodních aktivit společnosti, které však finanční správa nerozporovala ani dále neprověřovala.

Společnost žádala, aby finanční správa zadržovala pouze tu část nadměrného odpočtu, která přímo souvisela s drahými kovy (tedy s potenciálním karuselovým podvodem) a tu část odpočtu, na kterou se kontrola nevztahovala, aby společnosti vrátila.

Správce daně žádosti společnosti nevyhověl. Nevyhověly jí ani obecné soudy, které se vyjádřily tak, že povinnost vrátit nadměrný odpočet DPH vzniká až od okamžiku jeho vyměření, které zahrnuje celé zdaňovací období, a nesporná část odpočtu tak musí sdílet osud té části, která je prověřována.

V ústavní stížnosti společnost namítala, že je daňová kontrola nepřiměřeně dlouhá a zadržování nesporné části nadměrného odpočtu je zásahem do vlastnického práva společnosti.

Ústavní soud se nevyjadřoval k délce trvání kontroly, ale zkoumal ústavnost zadržování nadměrného odpočtu. Dle Ústavního soudu daňový řád sice výslovně neumožňuje nakládat s nespornou částkou odděleně od části sporné (kontrolované), ale stejně tak neumožňuje zadržovat nespornou částku nadměrného odpočtu spolu s částkou spornou.

Z tohoto důvodu Ústavní soud rozhodl, že postup správce daně představuje zásah do práva společnosti na ochranu vlastnictví dle čl. 11 Listiny základních práv a svobod. Správce daně mohl řádného výběru daní dle něj docílit i bez nezákonného zásahu do majetkových práv společnosti, a to rozdělením nadměrného odpočtu na spornou a nespornou část, a tu nespornou společnosti vrátit.

Na závěr Ústavní soud zdůraznil, že z hlediska ústavnosti je vydání částečného rozhodnutí týkajícího se neprověřovaných plnění možné pouze ve prospěch daňového subjektu, a nikoliv v jeho neprospěch.

Praktická aplikace tohoto nálezu je zatím nejasná, jelikož vydávání částečných rozhodnutí (a vyplácení částečných odpočtů) bude pravděpodobně muset nejprve umožnit novela daňových zákonů, přičemž bude třeba vyřešit několik problematických oblastí, které ve svých rozhodnutí nastínil již také Nejvyšší správní soud (např. vliv částečných rozhodnutí na počítání lhůt, jak definovat spornou a nespornou část odpočtu apod.). Současně je dělitelnost daňové povinnosti na DPH také předmětem probíhajícího řízení před Soudním dvorem EU, kdy Nejvyšší správní soud v jiném řízení položil předběžnou otázkou, jejímž prostřednictvím žádá o interpretaci principu neutrality DPH s ohledem na vnitrostátní právní úpravu, která podmiňuje výplatu části nárokovaného odpočtu DPH ukončením řízení o všech zdanitelných plněních v daném zdaňovacím období.

Další vývoj v této oblasti tak budeme bedlivě sledovat.