Legislativně je stanoveno to, že ve většině případů, kdy se podávají daňová přiznání správci daně, je možné učinit podání pouze elektronicky. Do 31.12.2015 je špatně podané přiznání neplatné od 1.1.2016 neúčinné. Rozdíl je v tom, že neplatným podáním se správce daně musí zabývat a vyzvat daňový subjekt k jeho doplnění, neúčinným podání se zabývat nemusí, má stejné dopady, jako kdyby ho nedostal. 

Učinit elektronické podání je možné jedním z následujících způsobů:

• aplikací Elektronického podání pro finanční správu (EPO)
• datovou schránkou
• softwarem třetích stran

Změny očekávané od roku 2016 týkající se elektronických podání:

• přiznání k DPH a kontrolní hlášení je možná podávat jen elektronicky,
• nebude se měnit způsob elektronického zasílání daňových přiznání, tzn. že bude i nadále ponechána možnost zasílání daňových přiznání prostřednictvím datové schránky (i přes původní požadavek Ministerstva financí na zrušení této možnosti);
• na předepsané formáty podání (např. počet znaků v kolonkách daňového přiznání apod.) bude nutné při zasílání správci daně klást od roku 2016 větší důraz z důvodu zpřísnění podmínek při jejich podávání (viz bod níže);
• změnou od roku 2016 bude to, že při použití nesprávné struktury podání dojde automaticky k posouzení podání jako neúčinného (dosud platilo, že bylo zahájeno daňové řízení ve smyslu vydání výzvy k odstranění vad podání). To znamená, že pokud daňové přiznání, které bude zasláno v chybném formátu např. v .pdf (ne v .xml) bude automaticky posouzeno tak, jako by správci daně nebylo vůbec podáno; nejpřesvědčivější kontrolou je v současnosti načtení souboru do Daňového portálu (EPO), který před odesláním daňového přiznání používáme (upozorňuje na výskyt možných chyb při elektronickém podání);
• v případě, že je daňové přiznání zasláno bez státních výkazů, pak je zpravidla ze strany správce daně zahájeno vytýkací řízení (v lepším případě vás správce daně pouze kontaktuje telefonicky); řešením je načtení a kontrola tohoto daňového přiznání přes aplikaci EPO, kdy je uživatel na toto upozorněn s poznámkou, že se jedná o tzv. „propustnou“ chybu, která sice nezamezuje zaslání souboru, nicméně způsobuje výše uvedený postup;
• novinkou, která se již projevila u daňových přiznání k dani z příjmů právnických osob za rok 2014 bylo zpracování účetních výkazů jako povinné přílohy k daňovému přiznání. Možným postupem, který i my preferujeme je zpracování a přímé naimportování  excelových souborů přes účetní program přímo  do přílohy, krajní variantou je vložení číselných údajů ručně, což je však časově náročné a zvyšuje možnost chybovosti při jeho zpracování.

Z výše uvedeného tedy vyplývá, že pokud bude daňový subjekt používat pro zpracování daňových přiznání software třetích stran, který neumožňuje přehled chybových hlášení z těchto podání, použít pro kontrolu chyb aplikaci Daňového portálu Finanční správy (EPO). Nicméně vzhledem k omezení rizika chybovosti  přijatých podání doporučujeme tuto možnost kontroly využívat i v ostatních případech.  Prvotně je však dobré mít na paměti, že daňová přiznání musí být elektronicky zasílána ve formátu .xml, který je nutné dodržet a tím zabránit dalšímu postupu správce daně. 

Přes odpor odborné veřejnosti se tak do zákona dostala změna, která přesouvá povinnosti na zpracování různých formátů podání ze správce daně na daňového poplatníka.  Pro daňovou správu bylo jednodušší a levnější přidat povinnosti a práci poplatníkům než zainvestovat do systému na digitalizaci přijatých podání.  Z pohledu celé společnosti vyvolává tato změna dodatečné náklady u všech poplatníků  Z praxe daňových poradců víme jak těžké je přesvědčit klienta, že ho přiznání bude stát  o něco navíc proto, že státní správa na něj přesunula povinnost „překlopit“ podání do požadovaného  .xml formátu.